首先，要分清两者，就要弄清楚两者的定义。在矿物学中，严格的玉的定义只包括了极少几个玉石品种，如翡翠、和田玉等，其中并没有玉髓，但是“玉石”的概念范围就大了很多，玉髓就是玉石之一。
什么是玉髓？玉髓是一种矿物，又名“石髓” ，其实是一种石英，SiO2的隐晶质体的统称，是石英（隐晶质的变种。它以乳房状或钟乳状产出，常呈肾状、钟乳状、葡萄状等，具有蜡质光。玉髓形成于低温和低压条件下，出现在喷出岩的空洞、热液脉、温泉沉积物、碎屑沉积物及风化壳中，有的玉髓结核内会含有水和气泡，非常有趣。它的物理性质与石英一样，常被人们当作宝石，主要用作首饰和工艺美术品的材料。
玉髓与人们熟知的玛瑙是同种矿物，有条带状构造的隐晶质石英就是玛瑙，没有条带状构造、颜色均一的隐晶质石英就是玉髓，是玛瑙中的一种高品种，外形也与玉十分相似。
其次，玉髓和玉的成分不同，这是两者有区别的重要原因。玉的主要成份为 Ca2(Mg, Fe)5Si8O22(OH)2)；而玉髓的主要成分是二氧化硅(SiO2)，是隐晶质石英的集合体。如此看来，它们并不是同一类物质。
在玉石中，最容易与玉髓混淆的是东陵石、密玉、碧玉等，我们可以从质地和颜色等方面分辨它们。玉髓质地细腻具有隐晶质结构，颗粒微小，肉眼无法看出。与玉髓不同，东陵石、密玉、碧玉等颗粒很大，质地相对玉髓而言，比较粗大、粗糙。
玉髓是一种隐晶质石英体，它并不像水晶那么晶莹剔透，但却有着自己独特的魅力，玉髓颜色非常多，形态也各有不一，常被作为饰品佩戴，在古代，玉髓是达官显贵的独享品，它象征着高贵，而现在玉髓已经走入大众，成为人人都能佩戴的饰品。
玉髓的功效有辟邪、预防眼部疾病等功能，因而玉髓也是一种喜爱的首饰，一方面能当做护身符，另一方面价格亲民的玉髓也能让大众享受到玉石的魅力。玉髓的磁场非常稳定，因而玉髓的功效主要表现在帮助佩戴者稳定情绪上，如火红色的玉髓能很好的帮助心情低落者稳定情绪，此外玉髓还有驱散噩梦的功效。值得注意的是，玉髓在高温时，容易失水而便干涩，降低其美观性，所以冬天洗热水澡时，最好摘下玉髓单独保存在一个首饰盒子里。
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